Решением по итогам выездной налоговой проверки налогоплательщику доначислены НДС и налог на прибыль организаций в общей сумме 16 044 661 руб. Основанием послужил вывод налогового органа о несоблюдении налогоплательщиком условий, установленных п. 2 ст. 54.1 НК РФ, повлекшее необоснованное включение обществом в состав расходов по налогу на прибыль затрат при отсутствии доказательств осуществления реальных хозяйственных операций с отдельными контрагентами, а также предъявление НДС к вычету с этими же контрагентами, при установлении налоговым органом обстоятельств фактического приобретения обществом товаров (сырого молока), поставка которых предусмотрена договорами с данными контрагентами, непосредственно у сельхозпроизводителей, не являющихся плательщиками НДС.
Суд первой инстанции, поддерживая доводы налогового органа о недобросовестных действиях налогоплательщика, направленных на получение необоснованной налоговой выгоды, правомерности применения к рассматриваемым правоотношениям ст. 54.1 НК РФ, истолковав указанную норму права языковым, функциональным, систематическим и историческим способом и установив, что её введение не привело к изменению ранее существовавших принципов правового регулирования в сфере налогообложения, закреплённых, в частности, в Постановлении Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 № 53 «Об оценке арбитражными судами необоснованности получения налогоплательщиком налоговой выгоды», отменил решение Инспекции в части доначисления налога прибыль, пришёл к выводу о необходимости определения налоговым органом действительного размера налоговых обязательств налогоплательщика.
Однако апелляционная инстанция отменила решение суда первой инстанции, придя к выводу, что установленные обстоятельства совершения обществом хозяйственных операций свидетельствуют о недобросовестном поведении налогоплательщика, совершении им действий, направленных на неполную уплату налогов путём включения налогоплательщиком в цепочку поставки молока от сельхозпроизводителей подконтрольных организаций, создании фиктивного документооборота.
Суд апелляционной инстанции отметил, что нормы ст. 54.1 НК РФ, являясь законодательной новеллой, не могут быть нивелированы или же истолкованы только на основании ранее сформированной арбитражной судебной практики, трактующей вопросы, связанные с получением необоснованной налоговой выгоды, без учета её буквального содержания и цели применения. Нормы ст. 54.1 НК РФ не содержат установлений, вменяющих в обязанность налогового органа проведение реконструкции налоговых обязательств путём определения прав и обязанностей налогоплательщиков, допустивших искажение действительного экономического смысла финансово-хозяйственных операций, расчетным путём.
Не согласился суд апелляционной инстанции с выводом нижестоящего суда и о том, что налогоплательщик, вовсе не представивший налоговому органу на проверку никаких документов по совершённым сделкам, будет вправе рассчитывать на применение расчётного метода на основании подп. 7 п. 1 ст. 31 НК РФ, то есть будет поставлен в лучшее положение по сравнению с налогоплательщиком, который представил документы, не соответствующие требованиям ст. 54.1 НК РФ, что не отвечает принципам справедливости и правовой определенности.
(Постановление 7 Арбитражного апелляционного суда от 20.01.2020 по делу № А27-17275/2019, ООО «Кузбассконсервмолоко»)